关于circRNA数据库,以下是几个常用的数据库及其功能介绍:

1. circBase 简介:circBase是一个综合性数据库,收集了多个物种的环状RNA信息,包括人、小鼠、秀丽线虫、黑腹果蝇、矛尾鱼和腔棘鱼等。该数据库提供了基于序列的搜索、通过标识符、基因描述、基因组位置等搜索数据库的功能,并支持多种形式的表格导出和基因组序列的FASTA文件导出。

2. CIRCpedia 简介:CIRCpedia v2是一个提供circRNA的注释、表达、保守性和差异表达信息的数据库,涵盖了六个不同物种的185个RNAseq数据集。用户可以通过搜索、浏览、下载和可视化工具查询和分析circRNA的相关信息。

3. circBank 简介:circBank是一个收集circRNA信息的综合性数据库,由吉赛生物和多伦多大学联合构建,旨在为研究者提供便捷的circRNA研究工具,加速circRNA基础和应用研究进展。

4. CircRNADisease 简介:CircRNADisease数据库基于800多篇报道circRNA与疾病相关的文献,收集了330个circRNA与48种疾病之间的354对相互联系,其中肿瘤相关疾病占54%,心血管和脑血管相关疾病占27%。

5. TSCD和CSCD 简介:这些数据库涵盖了circRNA的特征、功能、相互作用、预后价值等方面的信息,可以帮助circRNA研究者进行鉴定、分析、验证和应用。

6. deepBase 简介:deepBase数据库包含了大约15万的circRNA基因(人、鼠、果蝇、线虫等),构建了最全面的circRNA的表达图谱。

7. circRNABase 简介:circRNABase整合已发表的circRNA数据,构建了miRNA与circRNA以及circRNA与RNA结合蛋白(RBP)的互作网络。

这些数据库为circRNA的研究提供了丰富的资源和工具,帮助研究者从多个角度进行circRNA的分析和研究。如果你需要更详细的信息,可以访问上述数据库的官方网站。